税務調査とは、税務申告資料の内容が適切かどうかを税務署の調査官（大企業の場合、３年サイクルくらいで国税が担当する）が帳簿等の調査を行い、もし誤謬や誤りがあれば正しい申告をするように是正を求められます。当然、不正があれば相応のペナルティー（重加算税、延滞利息等）が課せられます。税務官は、現預金・売上・仕入れ・外注費（架空計上やキックバック）・棚卸資産・人件費などを中心に調べますが、取引先での税務調査から反面調査を行ったり、繁盛店の現地調査、意外と多いと言われているのが従業員や他社からの通報（タレコミ）で、ある程度の目星をつけてから悪質性・金額の多寡などによって優先順位をつけて調査に来るのが一般的と言われています。そのほかにも、ランダムに調査先を選定して来ることもありますが、基本的に税理士（特に税務署に勤務していた方の事務所）に決算申告作業等を依頼していれば、正しく申告できるので過剰に怖がる必要は無いでしょう。

なお、税務調査自体は事前に任意調査の連絡と納税者には調査に協力する義務があり、調査自体を拒否することは出来ません。また、営んでいる業種に強く小回りの利く顧問税理士であれば、税務調査への立ち会いを依頼することもできます。十数年前までは、調査に訪れた税務官の実績を上げるため、契約書の印紙税など少額の追加納税分（「お土産」と言われていました）を作ることもありましたが、やはり正しい知識の下で正しく納税することが正攻法の経営だと思います。また、最近は税制が良く変わりますので、そのあたりもきちんと勉強しておけば問題ないでしょう。

これから、フリーランスとして訪印を設立して働く方も増えてきそうですが、ただ仕事を受けて利益を上げるだけでは不十分で、経理・法務・人事（源泉や社会保険料など）の知識を一通り習得しておく必要性を感じます。また、税理士に月次決算業務や請求書・経費等の処理を依頼するとそれなりの税理士報酬が発生しますので、決算業務のみを依頼できるレベルの経理管理を自分でするのという選択肢もあります。